وعمل الفقي سكرتيرا للرئيس مبارك للمعلومات بين عامي 1985، 1992، وعمل مباشرة مع الأمين العام للأمم المتحدة الأسبق، بطرس بطرس غالي، و السياسي الشهير أسامة الباز، إلى جانب وزيري الخارجية والأمينين العامين لجامعة الدول العربية السابقين نبيل العربي وعمرو موسى.
وأصدر الفقي مجموعة "الكتب البيضاء"، التي تدور حول تاريخ الدبلوماسية المصرية والعربية، وعمل أستاذا للعلوم السياسية في أقسام الدراسات العليا بالجامعة الأمريكية بالقاهرة من 1979 إلى 1993، كما شغل منصب مدير معهد الدراسات الدبلوماسية (1993 — 1995) ورئيس الجامعة البريطانية في مصر (2005 — 2008).
وكتب مقدمة عشرات الكتب المتخصصة في العلوم الاجتماعية والآداب ومناهج البحث (ومنها مقدمة كتاب "الرد" لكورت فالدهايم، رئيس دولة النمسا وسكرتير عام الأمم المتحدة الأسبق).
وحصل الفقي على جائزة النيل عام 2010 بعد أن أصدر عشرات الكتب الفكرية والسياسية ومنها "الانفجار العظيم والفوضى الخلاقة"، "سنوات الفرص الضائعة"، "فلسطين من التأييد السياسي إلى التعاطف الإنساني"، "فلسفة الكون وتوازن الوجود".
وأصدر "الصالون الثقافي العربي" كتابا تذكاريا عنه بعنوان "مصطفى الفقي رائد التحديث في الفكر السياسي العربي"، بمناسبة بلوغه السبعين، في عام 2014.