وقع الحادث في يناير/ كانون الثاني عام 2015، على بعد 364 ميلا جنوب شرق غوام. على عمق 160 مترا اصطدمت الغواصة بجبل تحت الماء. كان التصادم خطيرًا لدرجة أن الغواصة تضررت بشكل بالغ — فقد تحطمت مقدمة الغواصة وقام الطاقم بحهود كبيرة للبقاء على قيد الحياة. أصيب 98 من أفراد الطاقم من أصل 110، وتوفي جوزيف ألين، مساعد السائق البالغ من العمر 24 عامًا، في اليوم التالي بعد الحادث بسبب إصابة في رأسه.
تمكنت الغواصة من الخروج إلى السطح وطلب المساعدة. تم سحب الغواصة إلى الرصيف، وتعرض السونار لأضرار جسيمة، بالإضافة إلى تدمر صهاريج الصابورة. لكن الهيكل الصلب لم ينكسر، وبالتالي تجنب وقوع كارثة. ولم تتأثر حجرة المفاعل. بعد الإصلاح، استمرت الغواصة بالخدمة.
تنتمي غواصة "سان فرانسيسكو" إلى فئة الغواصات المتعددة الأغراض من طراز لوس أنجلوس. ويوجد في الغواصة 12 عمودا رأسيا لإطلاق صواريخ كروز هاربون وتوماهوك، وأربعة أنابيب طوربيد.