وجاء تصنيف المنتخبات في القرعة كالتالي:
التصنيف الأول: الجزائر - بوركينا فاسو - الكاميرون - كوت ديفوار - مصر - غانا - مالي - المغرب - نيجيريا - الكونغو الديمقراطية - السنغال – تونس.
التصنيف الثاني: بنين - الكونغو- الجابون - غينيا - كينيا - ليبيا - موريتانيا- النيجر - الرأس الأخضر - جنوب أفريقيا -أوغندا – زيمبابوي.
التصنيف الثالث: أنجولا - مدغشقر - مالاوي - موزمبيق - ناميبيا - سيراليون - السودان - تنزانيا - توجو - أفريقيا الوسطى - غينيا بيساو – زيمبابوي.
التصنيف الرابع : بوروندي - بوتسوانا - جزر القمر – أثيوبيا - أي سواتيني "سوازيلاند سابقاً"- رواندا - ليسوتو - غينيا الاستوائية، التصنيف الخامس: تشاد - جيبوتي - جامبيا - ليبيريا - موريشيوس - ساوتومي - جزر سيشل - جنوب السودان.
وجاءت مجموعات تصفيات بطولة أمم أفريقيا 2021 على النحو الآتي:
المجموعة الأولى: مالي- غينيا – ناميبيا -ليبيريا × تشاد.
المجموعة الثانية: بوركينا فاسو – أوغندا – مالاوي - جنوب السودان × سيشل.
المجموعة الثالثة: غانا - جنوب أفريقيا – السودان - موريشيوس × ساو تاومي.
المجموعة الرابعة: الكونغو الديمقراطية – الجابون - أنجولا - جيبوتي × جامبيا.
المجموعة الخامسة: المغرب – موريتانيا - أفريقيا الوسطى - بوروندي.
المجموعة السادسة: الكاميرون - الرأس الأخضر - موزمبيق – رواندا.
المجموعة السابعة: مصر - كينيا - توجو - جزر القمر.
المجموعة الثامنة: الجزائر - زامبيا - زيمبابوي – بوتسوانا.
المجموعة التاسعة: السنغال – الكونغو - غينيا بيساو - أي سواتيني.
المجموعة العاشرة: تونس –ليبيا - تنزانيا - غينيا الاستوائية.
المجموعة الحادية عشرة: كوت ديفوار - النيجر - مدغشقر – إثيوبيا.
المجموعة الثانية عشرة: نيجيريا - بنين - سيراليون – ليسوتو.
ومن المقرر أن تلتقي منتخبات التصنيف الخامس "وجهاً لوجه" عن طريق المواجهات المباشرة في التصفيات التمهيدية، على أن ينضم الفائزين إلى منتخبات التصنيف الرابع لبدء دور المجموعات من التصفيات.
وفي دور المجموعات تم تقسيم المنتخبات الـ48 إلى 12 مجموعة تضم كل منها أربعة منتخبات، ويتأهل أصحاب المركزين الأول والثاني للمشاركة في نهائيات كأس الأمم الافريقية التي تستضيفها الكاميرون بعد عامين .