في نسخة دوري الأبطال عام 2012، تعرض النادي الملكي للإقصاء من نصف النهائي على يد بايرن ميونيخ، ليبكي الاستثنائي بحرقة.
وقال مورينيو بحسب صحيفة "ديلي ميل" الإسبانية: "قضيت وقتا صعبا لتجاوز هذه الهزيمة. هذه هي كرة القدم. كريستيانو رونالدو وكاكا وسيرخيو راموس. كلهم وحوش في اللعب، لا شك في ذلك. كانت هذه المرة الوحيدة التي أبكي فيها بعد مباراة كرة قدم".
وتابع البرتغالي "أتذكرها جيدا، أنا وايتور كارانكا أوقفنا السيارة أمام منزلي وبكينا. كان صعبا تقبل الأمر لأننا في ذلك الموسم كنا أفضل فريق في أوروبا".
ريال مدريد خسر في ألمانيا بهدفين مقابل هدف، وفاز في العودة على سنتياجو برنابيو بنفس النتيجة وفي ركلات الترجيح أهدر رونالدو وكاكا وراموس.
وعلى مدار ثلاثة مواسم قضاها مورينيو مع الملكي توج بثلاثة ألقاب محلية، لكنه دائما كان يتعثر في نصف نهائي دوري الأبطال.
ففي 2011 أقصاه برشلونة، وفي 2012 أخرجه بايرن، وفي 2013 حرمه دورتموند من بلوغ النهائي، ليرحل عائدا إلى تشيلسي.